故事讲述了赛德克族人与陈源和陈平已经见怪不怪了，这一个来月以来，开始的时候见到有人，见到躲进街边房子里的人的时候，两兄弟会下车去认识一下，可是连续几次都是引起对方的误会，被对方拿着消防斧、菜刀之类的凶器袭击以后。陈源和陈平渐渐就不去找那些人了。日本人之间的抗争故事。莫那鲁道（林庆台 饰）率领一批英勇战斗士，计划利用地形优势和灵活战术给予日军先头部队重大杀伤。然而，日本方面，也并不好对付，陆军少将镰田弥彦率军队与警察组成的联合部队，准备迅速向赛德克族人发起讨伐。山地警小岛（安藤政信 饰）利用个人威望和部族矛盾成功劝说铁木瓦力斯（马志翔 饰）连同部落加入日军阵营，协助围攻莫那鲁道。后面，更是不惜使用糜烂姓炸弹对付赛德克人。眼前满山火光，莫那鲁道会有怎样的应变之策呢？最后的胜利又会属于谁呢？
